prototypeとjQueryを併用しない方がいい

現在改修中のWEBアプリは元は他の会社が作ったもので、おかしなコードがたくさん見受けられる。
同じ画面内に同じid属性の値が大量にあったり。
で、そのWEBアプリ、prototypeとjQueryを併用している。なぜ？
両者を連携させて何かしているわけではないみたい。もしそんな高度なことができるなら、もっと美しいコードを書くだろう。。。
単に最初に作った人が
「お、javascriptにこんな便利なライブラリあるんだ。とりあえずあれもこれも全部使ってちゃおう。」
とか安易に考えたんだろう。

で、機能追加でコーディングをしていたらおかしなことが起きた。
prototype.jsで実装されているgetElementsByClassName()がなぜか正しく動かない。
＃ブラウザはIE。このWEBアプリはfirefoxを未サポート。
jQueryの読み込みをコメントアウトするとちゃんと動く。
なんじゃこりゃ。

とりあえず実装責任者に
「どっちかにしませんか？」
と言ってみたら、
「じゃあ、jQueryで。」
と言われてしまった。
prototypeの方が広く使われているかなーと思っていたが、googleの検索ヒット数を見るとjQueryの方が多いなあ。